Сформирован 10 сентября 1941 г.
В составе действующей армии с 10 сентября 1941 года по 27 апреля 1942 года.
27 апреля 1942 года полк преобразован во 2-й отдельный гвардейский мотоциклетный полк.
Командиры полка:
майор В.М.Федорченко (убит в бою 29 октября 1941 г.) - 46-й отдельный мотоциклетный полк;
капитан/майор А.М.Миленький (убит в бою 15 декабря 1941 г.) - 46-й отдельный мотоциклетный полк;
подполковник/гвардии подполковник Ф.Х.Полевой - 46-й отдельный мотоциклетный полк - 2-й отдельный гвардейский мотоциклетный полк;
гвардии капитан/гвардии подполковник М.Н.Полуботко - 2-й отдельный гвардейский мотоциклетный полк;
гвардии майор В.Ф.Сочкин - 2-й отдельный гвардейский мотоциклетный полк;
гвардии подполковник М.В.Купин (убит в бою 7 февраля1945 г.) - 2-й отдельный гвардейский мотоциклетный полк;
гвардии подполковник В.Г.Яновский (после гибели гвардии подполковника Купина и до середины февраля 1945 г.) - 2-й отдельный гвардейский мотоциклетный полк;
гвардии подполковник Ф.П.Караулов (с середины февраля 1945 г. по момент расформирования) - 2-й отдельный гвардейский мотоциклетный полк.
Вошёл в состав Северо-Западного фронта, дислоцировался западнее Валдая. С 14 октября 1941 года, войдя в состав группы генерала Ватутина, вместе с 8-й танковой бригадой совершает двухсоткилометровый марш, получив приказ сосредоточиться в районе Старое (южнее Вышнего Волочка) и быть готовыми действовать в направлении Торжок — Калинин. Полк двигался в передовом отряде группы, будучи усиленным лёгкими танками. Прибыл в район деревни Думаново юго-западнее Торжка, далее к деревне Каликино в шести километрах северо-западнее Калинина и 15 октября 1941 года основными силами вступил во встречный бой. В течение четырёх часов отражал попытку врага прорваться на Торжок, затем занял оборону на южной окраине деревни Дорошиха.
Затем полк был придан 133-й стрелковой дивизии и в ходе предпринятого 18 октября 1941 года наступления при поддержке танков, не смотря на сильное авиационное воздействие противника, ворвался на северо-западную окраину Заволжья. Однако противник контратакой отбросил мотоциклистов, и к исходу дня полк, частично рассеянный, закрепился на рубеже: мост через ручей Межурка — Николо-Малица — 600 метров северо-западнее Горбатого моста — южная окраина Дорошихи.
19 и 20 октября 1941 года бойцы полка отражают атаки гитлеровской 129-й пехотной дивизии. Последнюю декаду октября 1941 года они продолжают вести бои на окраинах Калинина - в районе улицы Осипенко и химзавода.
На 15 ноября 1941 46-й отдельный мотоциклетный полк вместе с 8-й танковой бригадой обороняет рубеж шириной в 24 километра южнее Московского моря по восточному берегу реки Ламы от Дорино до Силанучье, своим правым флангом прикрывая шоссе Дорино, Козлово, Ново-Завидовский, ведёт ожесточённые бои с возобновившими наступление немецкими войсками. На участке полка 6-я танковая дивизия гитлеровцев прорвала оборону. Полк с боями отходит восточнее, несёт большие потери. 18 ноября 1941 года он направлен в помощь 18-й кавалерийской дивизии для ликвидации прорыва 55 танков противника при поддержке пехоты в 6 километрах западнее Спас-Заулка и вывода дивизии из окружения. Мотоциклисты полностью справились с задачей.
На 21 ноября 1941 года 46-й омцп ведёт бои северо-восточнее Ново-Завидовского, на рубеже: Терехово, Первомайск, Рябинка и южнее этих населённых пунктов. К 23 ноября 1941 года был выведен в резерв и сосредоточен в Филимонове в 7 километрах юго-восточнее Конаково. Полк в дальнейшем часто привлекался как подвижный резерв командарма или командующего фронтом в зависимости от подчинения в операциях по выводу окруженных частей и ликвидации прорывов противника.
С 13 декабря 1941 года вместе с 8-й и 21-й танковыми бригадами, 145-м отдельным танковым батальоном и 2-м мотострелковым полком вошёл в состав подвижной группы, в задачу которой ставилось перерезать шоссе на участке Клин — Высоковск и замкнуть кольцо окружения вокруг Клина. В ходе наступления полк двигался фронтом на Высоковск.
14 декабря 1941 года ведёт на редкость ожесточённые бои, отражая настойчивые атаки противника. В районе деревни Борисово на его малочисленные подразделения двинулись 16 немецких танков и батальон пехоты. Подразделения полка долго и упорно дрались за свои позиции, но под натиском превосходящих сил противника вынуждены были оставить участок Клинского шоссе и отойти в лес, что севернее деревни Борисово. На помощь полку была направлена рота танков 8-й танковой бригады. В ходе ожесточённого боя удалось отбросить врага и восстановить положение. 150 воинов этой героической части погибли в боях за г. Клин. Поднимая бойцов в атаку, погиб смертью храбрых второй командир полка майор Александр Михайлович Миленький (15 декабря похоронен 2,5 км западнее д. Першутино), был тяжело ранен комиссар полка старший батальонный комиссар Александр Фёдорович Гуцелюк.
Затем полк в составе армии в ходе Ржевско-Вяземской операции наступает в общем направлении на Зубцов и выходит на его подступы, 11 января штурмует оборонительные рубежи у деревни Ягодино. 22 января в составе 30-й армии 46-й омцп переброшен северо-западнее Ржева для прорыва немецкой обороны и соединения с 29-й армией, попавшей в окружение. В ночь с 7 на 8 февраля подразделения полка взяли высоту "Кокош" с минимальными потерями (по данным ОБД погибли 7 человек), уничтожив полностью 2-ю роту полка СС «Дер Фюрер». В последующем, используя тактику ночных атак, участвовал в дальнейших боях по разгрому боевой группы "Кумм", оборонявшей левый берег р.Волги в районе деревень Клепенино, Новое Филькино и Петелино.
