12 декабря 1917 г. образован как Уфимский губернский военкомат.
18 марта 1918 г. образован комиссариат по военным делам.
С 23 августа 1918 г. в составе Приволжского военного округа.
В связи с весенним наступлением Колчака 9 марта 1919 г. Уфимский губернский военный комиссариат эвакуирован в город Ардатово Симбирской губернии, где находился до конца мая 1919 г.
На основе приказа окружного военкомата Приволжского военного округа № 492 от 28 мая 1919 г. Уфимский губвоенкомат 13 июня возвращен в Уфу.
23 февраля 1919 г. организован Башвоенкомат.
В июле 1922 года произошло слияние Малой Башкирии и Уфимской губернии. В результате Башвоенкомат переехал из Стерлитамака в Уфу, слился с Уфимским губвоенкоматом и в итоге стал сначала Башкирским народным комиссариатом по военным делам, а впоследствии Башкирским военным комиссариатом на правах краевого военного комиссариата.
В 1934 году военный комиссариат именовался «Управление мобилизационного округа» и подчинялся командиру 13-го стрелкового корпуса, который находился в городе Свердловске.
По итогам призыва 1935 года республике было вручено переходящее Красное Знамя Наркомата Обороны.
В годы Великой Отечественной войны на территории республики было подготовлено большое количество воинских формирований:
170-я, 186-я, 214-я, 361-я (21-я), 87-я (300-я), 219-я стрелковые, 74-я, 76-я, 112-я и 113-я кавалерийские дивизии, 124-я, 134-я стрелковые и 40-я минометная бригады; 17-я запасная, 4-я учебная, 2-я запасная кавалерийская бригады; 120-й, 121-й, 122-й, 123-й, 134-й, 144-й, 476-й минометные, 1292-й истребительно-противотанковый, 587-й гаубичный, 1097-й, 1098-й пушечно-артиллерийский и 15-й кавалерийский полки, 9-й запасный кавалерийский полк и 23-й отдельный полк связи. Были построены бронепоезда: «Полководец Суворов», «Александр Невский», «Салават Юлаев» и «Уфимец». Также были размещены: Центральный радиоузел разведывательного управления Генерального штаба, эвакоуправление № 97, Военная академия Генерального штаба имени К.Е.Ворошилова, Военно-политическая академия имени В.И.Ленина, Уфимское, Гомельское и Рижское пехотные, Сорочинское, 2-е Ленинградское артиллерийские, Севастопольское зенитно-артиллерийское, Воздушного наблюдения, оповещения и связи, аэрофотограмметрическое училища. В республике находились военные склады: № 571 — Центральный, № 307, № 789 — медицинский, окружной продовольственный, вещевой склад Военно-Морского флота № 2003, склад № 969, склад Военно-Воздушных Сил и Главного управления артиллерии Красной Армии, отделение военных собак, а также 63 эвакогоспиталя, батальон выздоравливающих и несколько лазаретов».
В 1947 г. военный комиссариат республики был переведен на штат № 3/616, что соответствует второму разряду. В таком составе он действовал до 1950 года. На основании директивы штаба ЮжУрВО № омо/1/1679 от 26.06.50 года он был переведен на новый штат и уже стал перворазрядным.
В 1968 г. военный комиссариат Башкирской АССР занял 3-е место среди областных и республиканских военных комиссариатов по РСФСР.
В 1986, 1993, 1994 годах военный комиссариат занимал первое место по округу, а в 1996 году он был назван в числе лучших в стране.
Военные комиссары Башкирской АССР - Республики Башкирия
1917 - 1919 - прапорщик Евлампиев А. К.
1919 - 1920 - прапорщик Докман С. Ф.
23.02.1919 - 1920 - Валидов Ахмет-Заки́ Ахметша́хович.
1920 – 1921 - Муртазин Муса Лутович.
.07.1922 - 1923 - Терегулов А. Х.
1930 - 1934 - Мурат Л. А.
1934 - 1939 - полковник Федоров К. С.
1939 - 1942 - интендант 1 ранга Соловьев
1940 - 1941 - полковник Спорынин
1941 - 1942 - полковой комиссар Грицов
00.03. - 00.10.1942 - батальонный комиссар Назаров
- интендант 2 ранга Кручинин (на август 1942 г. врид).
- майор Грешнов Семен Николаевич (врид, июль 1943).
1942 - 1943 - полковник Хабибуллин Ярулла Хабибуллович (1894 - 07.05.1943, Оренбург).
01.07.1943 - 17.11.1948 - полковник инт. службы Агапитов Иван Михайлович (1891 - 1961)
00.11.1948 - 00.09.1950 - генерал-майор Кудрявцев Александр Георгиевич
1952 - 1953 - полковник Морозов И. А.
1953 - 1959 - полковник Петров С. П.
1959 – 1963 - Герой Советского Союза полковник Рогалёв Пётр Леонтьевич.
18.07.1963 - 25.10.1969 - Герой Советского Союза полковник (с 1969 - генерал-майор) Кусимов Тагир Таипович.
29.10.1969 - 29.12.1975 - генерал-майор Шапошников Петр Александрович
1976 – 1989 - генерал-майор Бойко А. А.
1989 – 2001 - генерал-майор Трофимов Владимир Иванович.
2001 - 2008 - генерал-майор Азаров Тимофей Михайлович.
2008 – 2011 - полковник Багаутдинов Ильдар Асхатович. (и. о.)
С 03.10.2011 - полковник Балтинский Анатолий Евгеньевич.
Информация обобщена на основе сведений, опубликованных в журнале «Ватандаш». (интернет-версия).