В феврале 1942 г. Супрунов М.Ф. был назначен начальником штаба только что сформированной 385-й стрелковой дивизии, которая вела упорные наступательные бои южнее г. Киров Калужской области. С 20 марта по 24 мая 1942 г. дивизия находилась в подчинении 50-й армии Западного фронта, затем 10-й армии и занимала оборону по южному берегу р. Неручь. В конце июня 1942 г. она была подчинена 16-й армии и в её составе вела неудачные наступательные бои по овладению Людиново (25 км южнее г. Киров), а с 20 августа 1942 г. заняла оборону в прежнем районе.21 июля 1942 г., за умелое руководство штабом дивизии Указом Президиума Верховного Совета СССР майор Супрунов М.Ф. был награжден орденом Красной Звезды.В течение мая-июля 1943 г. дивизией было проведено несколько успешных разведок боем с захватом пленных и уничтожением живой силы и техники противника. Все эти операции проводились по тщательно разработанным Супруновым М.Ф. планам. Обдуманно составленный им план действий, четкое отработанное взаимодействие пехоты с артиллерией 18 июля 1943 г. решили исход боя усиленного стрелкового батальона 1268-го стрелкового полка в районе д. Крутая (35 км юго-восточнее Спас-Деменска, ныне Барятинского района Калужской области). В результате оборона противника была прорвана по фронту на 1,2 — 1,5 км в глубину. Поставленная задача была выполнена, вскрыта огневая система на важнейшем направлении противника, выявлены полковые и дивизионные резервы, захвачены пленные, уничтожено до 350 немцев, 14 пулеметов, 9 минометов, 7 блиндажей и другое военное имущество.В период со 2 августа 1943 г. по конец июня 1945 г. полковник (с 02.11.1944 г. – генерал-майор) Супрунов М.Ф. занимал должность командира 385-й стрелковой Кричевской Краснознаменной ордена Суворова дивизии. Воевал с ней до конца войны.