В Красной Армии с 1939 добровольно.
Участница советско-финляндской войны 1939-40 годов.
В 1941 году вновь призвана в Красную Армию. Участница Великой Отечественной войны с июня 1941 года.
Комсорг батальона 463-го стрелкового полка (118-я стрелковая дивизия, 28-я армия, Южный фронт) кандидат в члены ВКП(б) младший лейтенант Батракова.М.С.
30 августа 1943 года у хутора Кислицкий Матвеево-Курганского района Ростовской области участвовала в бою в составе роты автоматчиков, составлявшей танковый десант. Заменив раненого командира, Мария Батракова успешно руководила боем десанта.
30 сентября 1943 года при форсировании реки Молочная младший заменила погибшего командира роты. Отражая контратаки противника, рота под её командованием в течение пяти суток удерживала занимаемый рубеж.
Указом Президиума Верховного Совета СССР от 19 марта 1944 года за образцовое выполнение боевых заданий командования и проявленные мужество и героизм в боях с немецко-фашистскими захватчиками младшему лейтенанту Батраковой Марии Степановне присвоено звание Героя Советского Союза с вручением ордена Ленина и медали "Золотая Звезда" (№ 2759).
Награждена орденами Ленина, Отечественной войны 1-й степени, Красной Звезды, медалями.