36 армия сформирована 26 июля 1941 года в Забайкальском военном округе на базе 12-го стрелкового корпуса.
В сентябре 1941 года была включена в Забайкальский фронт и в его составе обороняла государственную границу СССР в Забайкалье. В августе и сентябре 1945 года 36 армия участвовала в Хингано-Мукденской операции, освобождала города Хайлар, Мукден, Цицикар, Порт-Артур.
Информации о наличии в составе войск 36 армии штрафных рот не имеется.