Уважаемый Вячеслав!
Скорее всего, это действительно отговорка сотрудников того военкомата... И формально они абсолютно не обязаны перед Вами отчитываться... Можете, конечно, запросить копию акта об уничтожении, но лучше - не от себя лично, а от какой-либо государственной организации (типа суда)... Тогда они будут обязаны официально ответить.
Просто у нас с Вами, несколько разная, извините, "весовая категория": у меня имеется официальный допуск на работу с документами архива моего военкомата, и я сам выбираю для исследования любые из них, относящиеся к "теме допуска", то есть все, которые имеют отношение к Великой Отечественной войне, не касаясь при этом Афганистана, Чечни и др. "горячих точек" современности.
С уважением - К.Б.Стрельбицкий